بمجرد أن يؤذن لصلاة المغرب بجبل عرفات يستعد حجاج بيت الله الحرام للتوجه لمشعر المزدلفة ، وبدلا من أن يسلك الحجاج الطريق البري الذي كان يستغرق 4 ساعات بسبب الزحام فإن قطار المزدلفة الجديد يقطع المسافة في خمس دقائق .

وتجمع الآلاف أمام مداخل محطة القطار، وهي عبارة عن ثلاثة مداخل في أنحاء متفرقة من جبل عرفات، بينما بدأ أفراد من الشرطة والشرطة العسكرية السعودية بتنظيم دخول الحجاج إلى المحطة على دفعات مختلفة. تبدأ بعدها المرحلة الثانية وهي تنظيم صعودهم سلالم المحطة على دفعات، حتى يرسل أفراد الأمن داخل المحطة إشارة الاكتفاء، والإشارة هي مجرد صافرة يطلقها الشرطي وآخر يلوح بعلم أحمر، فيمنع صعود أي حاج آخر.

وبعد وصول الفوج داخل المحطة يكون في استقبالهم عمال المحطة وأفراد الأمن، ويقومون بتوزيعهم على أبواب القطار.

يبلغ عدد بوابات القطار 60 بوابة، وما إن يتمكن الحاج من صعود القطار حتى تستغرق رحلته إلى مزدلفة خمس دقائق، مقارنة بطريق الحافلات الذي يستغرق أحيانًا أربع ساعات نظرًا لشدة الزحام.

 
وكان في استقبال الحجاج في "مزدلفة" أفراد من الأمن على غرار محطة عرفات، لتنظيم عملية الخروج من محطة القطار التي يقع مخرجها بداخل مزدلفة.

جدير بالذكر، أن مشروع قطار مكة وصلت تكلفته إلى 6.7 مليار ريال سعودي وتولى إنشاء المشروع الشركة الصينية للسكك الحديدية، ويصل ارتفاع القطار عن الأرض ثمانية أمتار وفي بعض المناطق عشرة أمتار حتى لا يتسبب في عرقلة حركة السير.