يعود تاريخ مسجد أم المعارك أو أم القرى ببغداد لفترة عهد الرئيس الراحل صدام حسين ، وبدأ تنفيذه في أواخر عام 1999 م وتم الإنجاز في شهر إبريل من عام 2001 م ، ونال المسجد لقبه الأول نسبة لحرب الخليج الثانية ، فيما حصل على لقب أم القرى في  العام 2003 حينما أضحى مقرا لهيئة علماء المسلمين .

 التصميم الهندسي للمسجد بشكل مستطيل وبمساحة 20 ألف متر مربع و الحرم الرئيس على شكل دائرة تحيط به 4 أبراج و دائرة الحرم قطرها 32 متر وارتفاعها من الداخل 28 متر ومن الخارج 37 متر ويوجد حول المسجد أربعة من الأبراج الخارجية بارتفاع 42 متر و المصلى الصيفي يتسع لـ 900 مصلي كما يوجد أيضاً موقفين للسيارات تتسع لـ 200 سيارة.

 والمسجد عبارة عن خارطة كبيرة للوطن العربي وفي مكان العراق نجمة ثمانية والمسجد كذلك نجمة ثمانية كبيرة وكانت هذه النجمة الثمانية تعتبر رمزاً لكل الصروح العمرانية التي شيدت في عهد الرئيس الراحل صدام حسين.

 منابر المسجد صممت على شكل فوهة الرشاش ak47 والمعروف بالكلاشنكوف الروسي الذي كان يستخدمه مشاة الجيش العراقي .

 ومن أشهر أحداث هذا المسجد أنه في ليلة يوم الأحد المصادف 28 أغسطس من سنة 2011 م وإثناء قيام المصلين داخل المسجد بأداء صلاة التراويح قام انتحاري بتفجير نفسه داخل المسجد بالقرب من رئيس الوقف السني في العراق الشيخ أحمد عبد الغفور السامرائي، وأدى الإنفجار إلى مقتل 6 أشخاص من بينهم نائب في البرلمان العراقي يدعى خالد الفهداوي وطفلان لم يتجاوزا الخامسة من العمر وأصيب حوالي 12 شخصا بينما نجا السامرائي من هذا الانفجار.