ويعتبر المسجد أحد أهم مساجد فلسطين التاريخية والأثرية حيث بني المسجد على يد الظاهر عمر في طبريا، وهو أحد مسجدين ارتبط اسمهما وبناؤهما بعائلة الظاهر الزيداني، إذ أن مسجد البحر هو أولهما، والمسجد الآخر هو مسجد الظاهر عمر أو كما يعرف باسم المسجد الزيداني، أو المسجد العمري نسبة إلى والد ظاهر العمر نفسه، الذي قام ببنائه وسط مدينة طبرية عام 1743م.

وفي هذا السياق، بعث النائب عن القائمة المشتركة، مسعود غنايم، رسالة مستعجلة لوزير المالية الإسرائيلي، موشيه كحلون، بصفته المسؤول عن مديرية التخطيط والبناء وعن ما يسمى "سلطة أراضي إسرائيل" حول إعلان لجنة التنظيم والبناء في منطقة الشمال ولجنة التنظيم والبناء التابعة لبلدية طبرية عن إيداع تخطيط هيكلي هدفه "تحويل ساحة مسجد طبريا لمكان تجاري وسياحي".

وطالب غنايم في رسالته، وزير المالية، بوقف هذا التخطيط لأن المكان هو مكان عبادة ومقدس للمسلمين وأي مساس به من خلال جعله هدفا ومكانا تجاريا أو سياحيا هو انتهاك لحرمة هذا المسجد وساحته، وهو مس بالعرب والمسلمين ومعتقداتهم.

وقال النائب عن القائمة المشتركة، إن "هذا المسجد له قيمة تاريخية، ويجب حفظه وصيانته من أي تغيير، وهو مكان عبادة يجب احترامه بما يليق ويَلزم".

يذكر أن المسجد استُعمل قبل عدة أعوام كمخزن لمواد البناء خلال أعمال الترميم التي قامت بها بلدية طبريا لتطوير المركز التجاري في المدينة. وتعرض على مدار سنوات طويلة لاعتداءات من قبل جهات يهودية متطرفة وتحول إلى مكب للنفايات.